Sicilia là một điển hình thường được nhắc đến về phá rừng nhân tạo, điều này diễn ra từ thời La Mã khi đảo chuyển thành một vùng nông nghiệp.[11] Việc này dần khiến khi hậu khô hơn, kéo theo suy giảm lượng mưa và các sông bị khô cạn. Các tỉnh miền trung và tây nam thực tế không có bất kỳ khu rừng nào.[13] Tại miền bắc Sicilia, có ba khu rừng quan trọng: Gần núi Etna, trên dãy Nebrodi và trong khu bảo tồn tự nhiên Bosco della Ficuzza gần Palermo. Công viên cấp vùng Nebrodi được thành lập vào ngày 4 tháng 8 năm 1993 và có diện tích là 86.000 ha, đây là khu vực tự nhiên được bảo vệ lớn nhất tại Sicilia; và có khu rừng lớn nhất trên đảo là Caronia. Cây hạt dẻ hàng nghìn năm tuổi tại Sant'Alfio, bên sườn đông của dãy Etna, là cây hạt dẻ lớn nhất và cổ nhất trên thế giới, ước tính có 2000-4000 năm tuổi.[14]

Sicilia đa dạng cao về động vật, có các loài như chó sói, triết bụng trắng, chồn thông, hoẵng, lợn rừng, nhím gai, cóc thông thường, rắn Vipera aspis, đại bàng vàng, cắt lớn, chim đầu rìu và cà kheo cánh đen.[15] Sicilia là một môi trường sống quan trọng đối với sự sống còn của một vài loài như các phân loài của quạ có mào Corvus cornix vốn chỉ thấy tại Sicilia, Sardegna và Corse.[16] Khu bảo tồn tự nhiên Riserva là một trong các hình mẫu tốt nhất về vùng hoang vu ven biển chưa bị khai phá tại Sicilia.[17] Vùng biển của eo biển Messina có nhiều loài chim và sinh vật biển, các loài lớn nhất là hồng hạc và cá voi vây.